TÉLÉCHARGER RASTOP TERMINALE GRATUIT

Matthieu 48 avis Libre, sans intermédiaire et proche de chez vous. Les curseurs X et Y permettent les déplacements horizontaux et verticaux. Rastop , molécules , lycée , Tice , enzymes , évolution , parenté , homologie , substrat , pdb , tutoriel. Pour sélectionner maintenant la chaîne de l’enzyme, il suffit d’utiliser le bouton « inverser la sélection » Deux commandes vont modifier l’aspect de cette chaîne: Sélectionner un nucléotide et le colorer. Elles vous serviront en SVT et aussi en Chimie.

Nom: rastop terminale
Format: Fichier D’archive
Système d’exploitation: Windows, Mac, Android, iOS
Licence: Usage Personnel Seulement
Taille: 23.60 MBytes

Le substrat apparait logé au coeur de l’enzyme. On retrouvera toutes les propriétés de Rasmol et des fonctionnalités nouvelles comme la possibilité de charger plusieurs molécules sur le même écran. On ouvrira les deux autres molécules dans deux autres fenêtres en les traitant de la même manière et l’on activera le bouton de multifenêtrage. Il suffira en suite d’afficher en sphère VDW et de colorer l’atome sélectionné. Nos lecteurs apprécient cet article Cet article vous a-t-il apporté les informations que vous cherchiez? Classez-les dans un dossier que vous ouvrirez par le menu déroulant de Ras Top. A l’occasion de trois manipulations classiques ADN en seconde, enzymologie en première S et comparaison des myoglobines en terminale S les principales procédures de traitement des fichiers.

A l’occasion de trois manipulations classiques ADN en seconde, enzymologie en première S et comparaison des myoglobines en terminale S les principales procédures de traitement des fichiers. RastopmoléculeslycéeTiceenzymesévolutionparentéhomologiesubstratpdbtutoriel. Acquérir et installer le logiciel et les données Afficher une première molécule Modifier l’affichage Colorer par chaîne Utiliser le zoom et les curseurs Utiliser le pointeur Sélectionner un nucléotide et le colorer Afficher une enzyme et son substrat Pratiquer une coupe Afficher le squelette carboné Utiliser la ligne de commande pour mettre en évidence un hétéroatome Utiliser le multifenêtrage pour afficher plusieurs molécules à la fois Mettre en évidence les similitudes.

TP 4 utiliser le logiciel Rastop

Acquérir et installer le logiciel et les données. Pour les données de base, le plus simple est d’utiliser les données de Rasmol mais il est aussi possible d’utiliser les fichiers mis à disposition par l’INRP ou les serveurs de données. Ouverte depuis novembrela librairie de molécules a pour but d’améliorer le transfert des connaissances de la recherche vers l’enseignement.

Elle propose des modèles moléculaires sélectionnés à partir des banques de données des chercheurs par des enseignants pour les enseignants. Tout utilisateur peut contribuer à l’enrichissement de la librairie en proposant de nouveaux modèles et de nouvelles applications pédagogiques » Pour plus d’informations vous pouvez consulter la page d’accueil de la termihale L’adresse de la librairie est: Afficher une première molécule.

Les boutons suivants permettent de modifier l’affichage de toute la molécule ou de la sélection en cours. Pour le cas qui nous occupe c’est l’affichage « boules et bâtonnets » rasgop est le plus approprié. Pour mettre en évidence les deux brins de l’ADN rien ne vaut une coloration par chaîne. Utiliser le zoom et les curseurs. Sélectionner un nucléotide et le colorer.

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Ces notations symboliques étant difficilement abordables, nous allons colorer toutes les guanines en fait les guanosines phosphate.

Rastop Afficher plusieurs molécules – SVT – Académie de Besançon

La première manoeuvre consiste à afficher la palette de coloration en cliquant sur le bouton spécifique. Il faut ensuite choisir l’élément à afficher dans la liste déroulante de la barre d’outils. Cette sélection ne devient opérationnelle qu’après un clic sur ce bouton: Il suffit alors de cliquer sur la couleur désirée dans la palette pour colorer la sélection.

Faites de même pour les Adénosines, les Thymines et les Cytosines en respectant toutes les étapes de la sélection puis de la coloration. La complémentarité entre les deux brins apparaît clairement.

rastop terminale

Afficher une enzyme et son substrat. Dans le cadre du programme de Première S il est intéressant de travailler sur la complémentarité « enzyme-substrat ». Sauf exception, ne sauvegardez pas les modifications apportées au fichier.

rastop terminale

Pour obtenir un nouvel affichage il faut cliquer sur: Le fichier à choisir est « cpa-sub ». Il contient la carboxopeptidase et son substrat: La première vision de la rastol n’est guère satisfaisante et il faut demander une coloration par chaîne comme précédemment.

Le substrat apparait logé au coeur de l’enzyme. La meilleure façon de percevoir la complémenatrité est de faire une coupe virtuelle dans la molécule. Le panneau de contrôle inférieur permet de régler la profondeur de coupe. Placez l’enzyme et son substrat en bonne position et enfoncez le bouton « Front ». Les deux flèches immédiatementà droite vont régler la profondeur de la coupe.

Observez le résultat qui s’affiche en même temps pour obtenir la meilleure coupe possible. Afficher le squelette carboné.

Pour chacune des molécules nous allons sélectionner uniquement l’enzyme et modifier l’affichage pour voir uniquement le squelette carboné. La molécule affichée ayant deux chaînes, la chaîne du substrat est identifiée par la lettre S alors que l’autre ne l’est pas.

En utilisant le bouton expressinil est possible d’ouvrir une fenêtre où l’on écrit les caractéristiques des atomes à sélectionner. Ici, il s’agit de tous les atomes qui appartiennent au substrat. Pour sélectionner maintenant la chaîne de l’enzyme, il suffit d’utiliser le bouton « inverser la sélection ».

Le résultats est très clair: Utiliser la ligne de commande pour mettre en évidence un hétéroatome. Il peut être intéressant de montrer que le site actif de l’enzyme contient un atome de Zinc responsable de la catalyse.

Utiliser le multifenêtrage pour afficher plusieurs molécules à la fois. L’objectif de cette manipulation est de montrer la grande similitude entres les myoglobines de trois Mammifères très différents: Pour chacune des molécules on affichera la chaine protéique en squelette carboné et on sélectionnera le ligand ici l’hème pour l’afficher en sphères VDW avec une couleur différente de celle de la protéine.

Mettre en évidence les similitudes. Les formes générales des molécules sont très similaires.

TP 4 utiliser le logiciel Rastop – Site internet de la cité scolaire François Jean Armorin

L’utilisation du pointeur permet de se rendre compte que les quatre acides aminés qui assurent le maintien de l’héme dans son site sont identiques pour ces trois myoglobines.

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Les autres acides aminés des séquences sont beaucoup moins constants. On pourra donc aborder les notions de similitude globale et de contrainte fonctionnelle.

Cellule, ADN et Unité du vivant Du génotype au phénotype, applications biotechnologiques Procréation Place de l’homme dans l’évolution Du génotype au phénotype, relations avec l’environnement Parenté entre êtres vivants actuels et fossiles – phylogenèse – évolution Procréation Immunologie Des débuts de la génétique aux enjeux actuels des biotechnologies.

Fichier de tutoriel au format zip à décompresser. Ne contient pas le logiciel rastop. Le logiciel rastop distribué sur le serveur de l’INRP remplace avantageusement Rasmol qui présentait des limitations et quelques défauts de stabilité.

On retrouvera toutes les propriétés de Rasmol et des fonctionnalités nouvelles comme la possibilité de charger plusieurs molécules sur le même écran.

Sans vouloir faire le tour des possibilités du logiciel, nous présentons trois manipulations classiques dans les lycées: La visualisation d’un petit morceau d’ADN en Seconde, l’étude du complexe enzyme-substrat en Première S et l’étude de la similitude entre les myoglobines en Terminale S. Pour une documentation complète, consultez la documentation disponible sur le site de l’INRP. La seule condition est de s’enregistrer auprès du serveur et d’avoir une connexion assez rapide.

Un répertoire rastopvf est créé automatiquement mais il n’y a pas de procédure d’installation proprement dite. Il suffit donc de créer un raccourci sur le bureau pour le programme « Rastop. Par défaut l’affichage se fait sous forme de liaisons.

La découverte de la molécule passe aussi par l’utilisation du zoom. Les curseurs X et Y permettent les déplacements horizontaux et verticaux. Un clic de souris sur un atome provoque l’affichage rasfop caractéristiques de l’atome.

Le nombre d’atome sélectionné s’affiche. Pour sélectionner maintenant la chaîne de l’enzyme, il suffit d’utiliser le bouton « inverser la sélection » Deux commandes vont modifier terminael de cette chaîne: Il suffira en suite d’afficher en sphère VDW et de colorer l’atome sélectionné.

On ouvrira les deux autres molécules dans deux autres fenêtres en les traitant de la même manière et l’on activera le bouton de multifenêtrage.

Comment fonctionne le logiciel RasTop ?

Lycée tous niveaux type pédagogique: Décompactez le fichier directement sur l’unité rasotp C, par exemple. Rastop utilise des fichiers au format. Les boutons suivants permettent de modifier l’affichage de toute la molécule ou de la sélection en cours Pour le cas qui nous occupe c’est l’affichage « boules et bâtonnets » qui est le plus approprié. Deux commandes vont modifier l’aspect de cette chaîne: Fichier au format pdf.